Glostrup Kommune har tidligere rummet en stor del vandløb. De fleste er imidlertid rørlagt og udgør nu dele af kloaksystemet. Det eneste å-system, der fortsat kan kaldes et vandløb, er Harrestrup Å-systemet. Harrestrup Å forventes målsat i de kommende vandplaner.
Der er en del åbne render, der afleder regnvand. Det er tidligere vandløb, der nu er reguleret som regnvandstekniske anlæg, og som ikke længere har naturmæssig værdi. Det drejer sig primært om Bækrenden langs kommunegrænsen til Albertslund og afvandingsgrøften i Ejby langs kommunegrænsen til Rødovre.
Herudover findes de to tidligere byvandløb Rosenåen og Hvissinge Rende. Begge vandløb er nu rørlagt og udgør rygraden i Glostrup Kommunes kloaksystem. Rosenåen udsprang oprindeligt i området omkring Glostrup Rådhus (Kildevældets Allé) og blev tidligt benyttet som byens kloak. Hvissinge Rende udsprang syd for Hvissinge Landsby på arealet, hvor HCS A/S holder til. Rosenåen og Hvissinge Rende løber langs kommunegrænsen til Brøndby, og de to vandløb løber sammen ved det gamle rensningsanlæg ved Gyvelvej og fortsætter gennem Brøndby videre mod rensningsanlægget på Avedøre Holme.
I Rødovre ligger Fæstningskanalen. Fæstningskanalen er omfattet af naturbeskyttelsesloven og museumsloven og er en del af fortidsmindet Vestvolden. Den er dog samtidig et vigtigt vandmiljø og en spredningskorridor for dyr på tværs af de bebyggede områder uden om København. Fæstningskanalen modtager en stor del af regnvandet fra Hvissinge. Fæstningskanalen er kategoriseret som en sø og indgår i vandsystemet, der fører vand fra oplandet til Utterslev Mose, Københavns indre søer og videre til Københavns havn.
De forskellige vandløb er vist på nedenstående kort.